結餘款在新臺幣二千元以內者納入校務基金，超過二千元者依下列原則分配：

1. 教研人員個人執行之專題研究計畫結餘款：
   20％由學校統籌運用；20％由學院（中心）運用；60％由計畫主持人使用至其離職或退休，如有餘額悉由學校統籌使用。
2. 教研或行政單位執行之專題研究計畫結餘款：
   30％由學校統籌運用；40％由計畫執行單位運用；30％由計畫主持人使用至自該單位離職，如有餘額悉由計畫執行單位統籌使用。